A mi-chemin entre le Rhin et les Vosges, à 5km au Nord-Est de Colmar, Holtzwihr s’inscrit au cœur de la Plaine d’Alsace.
Le ban communal recoupe à l’Ouest, la plaine limoneuse de l’Ill, et à l’Est, l’extrémité méridionale du Ried ello-rhénan.
D’un point de vue administratif, Holtzwihr appartient à l’arrondissement de Colmar et au canton d’Andolsheim.
Depuis le 1er décembre 1996, la commune fait partie de la Communauté des Communes du Pays du Ried Brun, à laquelle ont également adhéré les communes de Bischwihr, Fortschwihr, Grussenheim, Muntzenheim, Riedwihr et Wickerschwihr.
La CCPRB est constituée désormais de 8 communes depuis l'adhésion de la commune d'Andolsheim à compter du 1er janvier 2010. | 
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